為了便于管理，保證潔凈空調系統正常運行，除特殊情況外，一般宜先考慮采用集中式空氣凈化系統。在一些特殊場合，通過分析、比較，可考慮其他系統形式，如分散式系統。
在劃分潔凈空調系統時，可以根據室內參數、使用時間、直流式與非直流式等因素來劃分，同時，應充分考慮根據潔凈度等級與容量大小來劃分。集中式凈化空調系統與普通空調系統具有共性。
1、循環系統
（1）系統劃分
中效空氣凈化系統與高校空氣凈化系統、單向流潔凈室系統與非單向流潔凈室系統應分開設置。考慮到系統平衡，一個系統內的末級過濾器的效率應相近。如果與中效室氣凈化系統兩者阻力相差太大，合為一個系統時阻力難以平衡。如果各過濾器實際風量相差很大，隨著系統運行，則各過濾器阻力增加速度也不同，有可能導致系統失調。單向流潔凈室中的工藝要求精密，室內人員少，工藝本身往往沒有多大的發熱量，為了達到很高的潔凈度，換氣次數很大，這樣單向流潔凈室送風溫差就很小。非單向流潔凈室中的工藝一般不太精密，人員相對多，工藝發熱量和散濕量也大，其換氣次數因為潔凈度不高而變小，故送風溫差大。若把兩者劃分為一個系統，夏季空氣處理箱若按送風溫差大的要求（即送風溫度低）處理空氣，送風溫差小的（送風溫度高）就須二次加熱（即用加熱去抵消冷量），因單向流潔凈室送風量大，其熱量消耗也大，不經濟。若按溫差小的要求處理空氣，則不能滿足送風溫差大的要求，在運行上不經濟，在管理上也十分麻煩。除此之外，單向流沽凈室系統中，送風墻或送風頂棚上滿布空氣過濾器，潔凈室斷面風速為0.3-0. 5m/s，每臺空氣過濾器至多只用到額定風量的一半，其阻力低于額定阻力。而非單向流潔凈室的送風口中過濾器卻往往達到額定風量的80%以上，阻力大于前者。這樣兩者阻力相差100Pa以上，系統也難以平衡。對空氣過濾器來說，同樣也存在著阻力增長速率的不一致。若想始終維持系統初狀態的阻力平衡(即維持設計要求風量分配比)，勢必增設許多調節閥，并在運行過程中不斷調節，既麻煩也不經濟。若兩者阻力相差太大，單靠調節閥不一定能平衡， 因此一般在集中式凈化空調系統中，不允許兩者劃分為一個系統。若生產工藝要求或經分析比較后宜劃為一個系統(例如，只有一間單向流潔凈室，其他均為非單向流沽凈室)時，可增設帶風機的混合室，使單向流潔凈室形成小循環；或者采用半集中式凈化空調系統，用末端裝置滿足各潔凈室潔凈度要求，與集中風系統無關，系統運行就極為方便。
對于某些單位(例如科研單位)用的潔凈空調系統，系統中各潔凈室同時使用系數不高，要特別考慮以運行班次和使用時間不同來劃分系統，否則就會在運行中造成很大的浪費。潔凈室內正壓是靠送、回風間差值風量在室內無組織滲漏來保持的，室內正壓值相當于這些風量從室內縫隙滲漏時的阻力。從整個空氣系統平衡角度上講，這些無組織滲漏風量與系統排風量之和，等于進人系統的新風量。對同一系統而言，所維持的正壓值越高，所需新風量也越多，加上有些行業(如電子元件等)有較大的排風量，這樣系統需要補充很大新風量，一般都大大超過衛生要求所需新風量，這就增加了新風過濾和處理負擔。如果選用半集中式凈化空調系統，可采用全新風集中送風；如果采用集中式凈化空調系統，可根據上述原則劃分為幾個小系統。
（2）新風集中處理系統
若生產工藝需要各小系統同時運行，這時可以將各系統的新風量集中處理，然后送到各小系統空氣處理箱再進行處理，這樣經過集中處理過的新風，參數穩定，減輕了各小系統空氣處理負擔，有利于穩定潔凈室內空氣參數，也便于集中管理新風過濾器。
新風集中處理系統一般只經過粗效和中效空氣過濾器過濾(采用三級過濾)。根據所處地區及能源情況，可以同時進行預熱或預冷處理。新風集中處理系統往往采用獨立的新風機，壓入式供給各小系統，這樣各小系統新風量得以保證，有利于各系統間新風量分配和調節，也不會因系統一、二次回風量調節等原因而引起新風量的變化。如果需要，新風機也可兼做值班風機用，這樣既可維持室內一定正壓，又可防止室內夏季因室外空氣滲入引起結露，冬季也可進行值班供暖。如果生產工藝并不要求各小系統同時運行（即同時使用系數不高），就不必強調新風集中處理。若對各小系統間新風量調整等問題考慮不全，往往會因某個系統停或開而影響其他系統之間原有的新風量平衡。由以上分析可知，各系統的新風量變化，會引起系統內正壓的變化，破壞原有的潔凈室之間、潔凈室與外界之間的階梯式正壓差，從而引起整個系統的參數波動。這時若各系統分別單獨處理新風，則更有好處。如某系統新風量過大，可單獨設置新風處理箱，專送該系統。
（3）新風量和排風量的控制
潔凈空調系統的新風量是很大的，而且這些被空調熱濕處理和凈化處理過的新風幾乎是不能回收的。維持新風量正壓的風量是必須保證的，但是實際運行的排風量與設計排風量往往差異很大，隨著實際運行時排風裝置停、開或風量變化，往往引起室內正壓值的變化。為維持室內合適的正壓，多余風量靠壓力控制裝置(如余壓閥)排放，其浪費是很大的。因此，如在系統設計時，考慮系統的新風量通過中央控制裝置與排風裝置連鎖，則可根據排風裝置實際排風量，調節新風引入量，以降低新風負荷。如果設置余壓閥，則其應布置在潔凈氣流的下風側。
潔凈空調系統的空氣處理流程與一般空調系統大同小異。由于其處理的風量很大，相對來說送風溫差小，如果生產工藝流程中不產生有害物，或有害物能通過排風裝置有效排走，應該在保證新鮮空氣量及正壓的條件下，盡量利用回風。尤其是單向流潔凈室的系統送風量更大，其流程必定是采用二次回風系統，而且二次回風量很大。如果采用半集中式系統或全分散式系統，雖可以避免大量送回風量往返輸送，但這些風量卻要靠安放在室內或鄰室的大風機或多臺風機提供，其噪聲和振動必須處理好。
（4）帶短循環的系統
短循環或小循環的方案，是一種比較經濟的方法，即在潔凈室附近增設一臺風機，使大量的二次回風不經空調箱直接循環。這一方案使一次回風和新風負擔熱濕負荷，而使大量的對消除熱濕負荷不起作用的二次回風就近循環。這樣不但節約了輸送能耗，而且降低了用來抵消這部分風機輸送動力所轉化的熱量的冷負荷。這種方案多用于潔凈室距集中機房較遠，輸送風道較長，或各潔凈室潔凈度、含菌量要求不一,差別較大的系統。因風機離潔凈室近，對潔凈室噪聲和隔振處理不利。
如果系統中各潔凈室的熱、濕及塵負荷不大，也不產生有害氣體，或有害氣體能有效排走，即在別潔凈室的污染物對低級別潔凈室無污染的場合，可以采用串聯送風方式。潔凈空氣先送入別的潔凈室，別潔凈室排出的氣流直接進入低級別的潔凈室，對低級別潔凈室內的污染物進行稀釋凈化，各室之間的間隔采用多孔板壁，各室逐個串聯，后污染空氣通過回風回到空調機房進行處理重復利用，另一部分排出室外；排出室外部分，由新風系統補充。這種系統可以縮小空調設備、空調機房及風道斷面，降低成本，節約能源和降低運行費用。
（5）分散式空調系統
如果是對原有建筑進行潔凈系統改造，則應根據生產工藝要求和現有建筑的具體情況，因地制宜，不必強求正規的空氣處理流程。由于集中式凈化空調系統的管道截面大，占用空間大，還需要一個面積較大的 專用機房，現有的建筑難以適應，而且改造工程中土建工作量很大，施工周期長。因此，大多數改造工程采用半集中式和全分散式凈化空調系統。如原有廠房內有空調系統時，可在原空調系統內增設過濾設備，并通過提高風機轉速，增設不同局部凈化設備來滿足潔凈系統改造要求。
（6）直流式系統
如果生產工藝過程中散發出大量有害物，又無法用局部排風有效排走時，潔凈空調系統不能利用其回風，只能采用直流式系統。大量經空調熱濕處理和凈化處理過的空氣，隨排風排到室外，浪費了大量的冷量或熱量，在有條件的地方，應在排風口處設置熱回收裝置，回收排氣中的能量。如室內產生危害性很大的污染物質(如放射性生埃)，為防止對室外空氣造成污染，向室外排風需經過濾器過濾。對于高放射性塵埃，必須采用雙級過濾器串聯排風。工業潔凈廠房生產工藝過程中產生的氣體如果是有害體，排放處理要根據有害氣體的性質，對其進行水浴、吸收、吸附或其他化學處理。總之，只有在萬不得已的情況下才采用直流式系統，應盡量采用局部排風。不僅要能使有害物質盡快有效的排走，而且還要通過減少局部排風的操作口面積或采用密閉罩等措施來減少排風量
2、排風系統
對潔凈空調系統來說，減少排風，盡量利用回風，比普通空調系統具有更大的技術經濟意義。需排風的工藝設備宜布置在潔凈室下風側。應根據不同的排風對象選擇排風系統，具體如下：
（1）無機排風濕式處理
以使用無機藥品的化學通風的非風為主，平時僅排出空氣，混有藥品氣體的特殊作業環境排風時用這種系統。強腐蝕性、強酸性氣體混合時要用聚氯乙烯板材制作風道，末端用濕式處理（洗滌器）將有害氣體溶于溶液再排到空氣中，風道中途水平管上要設排水口。
（2）有機排風干式處理
用于乙醇、三氯乙烯等溶劑或光刻膠處理等，管材用聚氯乙烯會被溶解，故用不銹鋼。末端為干式處理， 通過活性炭過濾器，吸附有機溶劑。
（3）特殊排風濕式處理
用于氫、甲烷等爆炸性氣體的排風，末端是濕式排風，溶于水再排出。管材用聚氯乙烯或不銹鋼。甲烷和空氣接觸有燃燒危險，所以即使用聚氯乙烯管，其末端還必須用金屬管。
（4）泵的排風濕處理
工藝裝置內的排風和泵的排風，由于會積油，不要和可產生火星的排風連在一起。
（5）熱排風濕處理
氧化裝置、燒結爐的散熱排風屬該類型，可熱回收。
3、單風機和雙風機的選擇
集中式凈化空調系統大多采用單風機系統，這是因為大多數潔凈空調系統的新風量是全年固定不變的。為了維持系統內各潔凈室不同潔凈度所需的不同正壓，采用單風機系統無論在控制上還是管理上均比較方便。只要系統新風量不變，系統內正壓就有保證。另外，兩臺以上風機串聯使用，其效率比單臺風機單獨使用時總要低些。同時為了節省機房面積和初投資，一般情況多采用單風機系統。
如果整個系統阻力較大，勢必采用高壓頭風機，這時系統的噪聲、漏風量也隨之上升。如果系統回風管路較長，或回風道阻力較大，為使潔凈室回風能回到回風箱，需增大風機風壓，潔凈室就容易出現正壓過大。如果風機壓頭不夠，潔凈室大量回風中只有一小部分到達空調箱，大部分回風則通過各種途徑逃逸。如果系統全年需要變動新風量，則單風機系統就難以保證各潔凈室的合適正壓值。在諸如此類的場合，通過技術經濟比較，認為合理時，可在系統中增設回風機，組成雙風機系統。在設計雙風機時，應將送風機、回風機和排風機進行聯鎖控制，當系統開啟時，應先起動送風機，再起動回風機和排風機；關閉時，程序相反，以避免系統出現負壓。另外，須加強潔凈室正壓控制，因為雙風機系統與單風機系統不同，送、回風通路上的壓頭分別由送風機和回風機擔負。由于送風通路上安裝有含過濾的三級過濾器，回風通路上為控制潔凈室內正壓，至多設置粗效過濾器作為陽尼層，因此在運行過程中，回風通路和送風通路上的過濾器積塵速率不同，造成送、回風通路上阻力的增加不同步，使系統原調試好的各級正壓值被破壞。